在武书连的2011中国大学排行榜中，浙江大学以207.91分夺得全国高校综合实力冠军，北京大学以200.34分蝉联亚军，曾经连续14年冠军的清华大学以190.25分屈居季军。获得第4名到第10名的大学依次是：上海交通大学、复旦大学、南京大学、中山大学、武汉大学、华中科技大学、四川大学。
　　武书连的《2011中国大学评价》，列出中国大学教师人均效率排名和中国大学师生人均科研效率排名。在这两项反映教师人均有效工作量和人均学术水平的极重要的评价中，清华大学均夺得冠军。
　　在教师人均效率评价中，清华大学以7.9471分的绝对优势夺得冠军，南京大学以6.0105分摘亚军，北京大学以5.9229分列季军。获得第4名到第10名的大学依次是：中国科学技术大学5.6654分、浙江大学5.2838分、复旦大学5.2221分、南开大学4.7692分、上海交通大学4.4307分、中国人民大学3.9678分、北京师范大学3.7517分。
　　在师生人均科研效率评价中，清华大学以4.7656分夺冠，南京大学以3.9590分摘亚，北京大学以3.9395分列季。获得第4名到第10名的大学依次是：浙江大学3.6410分、中国科学技术大学3.6409分、复旦大学3.6320分、上海交通大学3.2295分、南开大学2.9943分、中山大学2.4570分、北京师范大学2.4511分。
　　此外，清华大学的科学与技术奖（包括国家最高科学技术奖、国家自然科学奖、国家技术发明奖、国家科学技术进步奖）总分居中国大学第1名。
　　武书连认为，截止2010年清华大学连续14年蝉联综合实力冠军，已经创下了中国大学排行榜冠军之最。2011年清华大学未能继续蝉联的主要原因在于缺乏独立的医学。在我国，最近十多年，自然科学的4个学科门类中，医学作为前沿科学，发展最快，其次是理学，工学和农学的比重呈持续下降趋势。2006年，清华大学曾与中国协和医科大学协议成立“清华大学北京协和医学院”，在同一个协议中，中国协和医科大学更名为“北京协和医学院”。后北京协和医学院认为“清华大学北京协和医学院”只是“协议文件中的历史产物”， “从未有正式注册和使用过”。而在《清华大学和中国协和医科大学关于落实两部协议的实施意见》中，又有“清华大学不再另办医学院”的内容，这使清华大学的医学发展陷入两难。